تختص الادارة بإصدار شهادات المنشأ للسلع المصرية المنشأ لدول الاتفاقيات التجارية أو المكتسبة المنشأ المصرى المصدرة إلى الدول المبرم بينها وبين جمهورية مصر العربية إتفاقيات تجارية ثنائية أو إقليمية أو متعددة الاطراف تتمتع الصادرات المصرية بموجبها بمعاملات تفضيلية وذلك فيما عدا ما ورد بشأنه نص خاص فى أى من هذه الاتفاقيات ، تصدر شهادات المنشأ طبقا لشروط الاتفاقيات التفضيلية للدول أعضاء الاتفاق التفضيلى فقط .
-أنواع شهادات المنشأ التى تصدرها الهيئة ( شعار جامعة الدول العربية – إتفاق ثنائى – EUR.1 – EURMED – FORM A – Mercosur – Comesa – G.S.T.P – AFCFTA ( .
تصدر الشهادة لمن يطلبها وفقاً للقواعد التى تحددها الهيئة بعد سداد الرسم المقرر واصدارها فوراً بالنسبة للسلع سريعة التلف او السلع التى تشحن بالطائرات .
يجب التزام المصدر بأن يتيح للهيئة العامة للرقابة على الصادرات والواردات كافة البيانات والمعلومات الخاصة بشهادات المنشأ التى تصدرها الهيئة بما يمكنها التحقق من صحة المنشأ اذا ما طلبت الدولة المصدر اليها الرسالة التحقق من صحة المنشأ ويحتفظ المصدر بالسجلات والمستندات التى تثبت بيان المنشأ لمدة خمس سنوات من تاريخ اصدار الشهادة وذلك طبقاً للقرار الوزارى رقم 770 لسنه 2005 و تعديلاته .
تصدر الغرف التجارية وفقاً للتخصص المكانى شهادة المنشأ لصادرات السلع المصرية الى الدول غير مبرم معها اتفاقيات تفضيلية
فى إطار منطقة التجارة الحرة العربية الكبرى فى حالة وجود وسيط يتم الاشارة فى شهادة منشأ تيسير وتنمية التبادل التجارى بين الدول العربية ( خانة الملاحظات رقم 7 ) إلى وجود وسيط مع ذكر إسم البلد الوسيط بالصيغة التالية : البائع النهائى لهذه البضاعة ( اسم الوسيط ) فى ( بلد الوسيط ) وأن تتضمن فاتورة الوسيط الاشارة إلى رقم وتاريخ فاتورة المصدر المشار إليها فى شهادة المنشأ .
لا تصدر شهادات المنشأ لمنتجات وصادرات المناطق الحرة فى إطار إتفاقية تيسير وتنمية التبادل التجارى بين الدول العربية .
يتم إدراج بيانات شهادات المنشأ بواسطة الشركة المصدرة على موقع الهيئة قبل التقدم لإصدار الشهادة من منافذ الهيئة .