تقوم الهيئة بكافة الأنشطة الخاصة بفحص جميع السلع المستوردة الخاضعة لأحكام قوانين الإشعاعات المؤينة والوقاية من مخاطرها والزراعة والاستيراد والتصدير المشار إليها، وبالنسبة لما يستورد من هذه السلع بنظام السماح المؤقت يقتصر الفحص على اجتياز الاختبارات الميكروبيولوجية والآفات المحجرية والحشرية.

القيام بفحص السلع الصناعية المصدرة بناء على :

1. رغبة العميل وطبقا للقرارات الوزارية او المواصفات القياسية او شروط التعاقد مع مراعاة اشتراكات السلامة والجودة طبقا للمرجعية المطلوبة

2. فحص السلع التي يطلب أصحاب الشأن فحصا اختيارياً.

3. فحص (المذيبات – الجلود- الرخام - المعسل).

4. إصدار شهادات الفحص المسبق قبل الشحن للصادرات المصرية وشهادات المطابقة للسلع والمنتجات الصناعية المصدرة للخارج في اطار الاتفاقيات الموقعة في مجال الاعتراف المتبادل بين مصر وعدد من الدول.

من أنشطة الهيئة الرئيسية الإشراف على فحص ورقابة السلع المصدرة والمستوردة الخاضعة لأحكام قواعد الرقابة على المصنفات الفنية وقمع التدليس والغش ومزوالة مهنة الصيدلة والمواد السامة وغير السامة التى تستخدم فى الصناعة والرقابة على المعادن الثمينة وحماية الأثار والوزن والقياس و الكيل.

تقوم الهيئة بإصدار السجلات التالية: سجل المصدرين، سجل المستوردين، سجل الوكلاء والوسطاء التجاريين، سجل المكاتب العلمية والاستشارية، سجل بطاقات التكامل مع السودان

تقوم الهيئة بإصدار شهادات المنشأ والمرور للصادرات من السلع المصرية المنشأ أو المكتسبة المنشأ المصري المصدرة إلى الدول المبرم بينها وبين مصر إتفاقيات تجارية ثنائية أو إقليمية أو متعددة الأطراف تتمتع مصر بموجبها بمعاملات تفضيلية فيما عدا ما ورد بشأنه نص خاص في أي من هذه الاتفاقيات.

يوفر مركز التدريب بالهيئة مجموعة متكاملة من البرامج والدورات التدريبية المتخصصة في مجالات مختلفة والتي تهدف إلى الارتقاء بالمستويات الإدارية والعملي ورفع كفاءة الإدارة والموارد البشرية كي تتواكب مع المتغيرات العالمية وتحقق التفوق والنجاح والريادة والتميز في أعمالها.

تمتلك الهيئة شبكة كبيرة من المعامل المعتمدة تغطى كافة موانئ الجمهورية (البحرية-الجوية-البرية) كما تغطى كافة المجالات (صناعي - غذائي) كما تقوم الهيئة بفحص عينات التعاقد بالنسبة للسلع الصناعية المستوردة.